在夫妻因长期分居而申请离婚案件中，关于子女抚养权的判决，法院通常会在充分考虑各种相关因素后，遵循保护未成年人最佳利益的原则进行裁决。
其中包括，子女的年龄、个人意愿、父母双方的抚养能力及条件，例如，家庭经济状况、受教育程度、居住环境等等。
若是子女已经年满八岁，其表达的意愿将占据更大比重。
根据一般的司法实践经验来看，哪一方能够为子女创造出更为稳定、安全且有益于健康成长的生活环境，便更有可能赢得抚养权。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。