双方户口不在一起不影响办理办独生子女证。
独生子女证办理，是要求到孩子户籍所在地计生部门进行办理的，因此父母双方不在同一户口簿情况下是不影响独生子女证办理的。
办理《独生子女父母光荣证》需要提供以下资料办理：
1、《独生子女父母光荣证申领表》；
2、身份证、户口簿、结婚证（因离婚或丧偶单独申领的，提交离婚证或离婚判决书或离婚调解书或配偶死亡证明）原件及复印件1份；
3、子女出生医学证明或收养证明。

《中华人民共和国人口与计划生育法》第二十三条国家对实行计划生育的夫妻，按照规定给予奖励。
第二十四条国家建立、健全基本养老保险、基本医疗保险、生育保险和社会福利等社会保障制度，促进计划生育。
国家鼓励保险公司举办有利于计划生育的保险项目。
有条件的地方可以根据政府引导、农民自愿的原则，在农村实行多种形式的养老保障办法。
第二十五条公民晚婚晚育，可以获得延长婚假、生育假的奖励或者其他福利待遇。
第二十六条妇女怀孕、生育和哺乳期间，按照国家有关规定享受特殊劳动保护并可以获得帮助和补偿。