分居满三年后起诉离婚，在财产分割方面通常有以下原则。
夫妻共同拥有的财产，首先由双方进行友好协商处理，达成一致意见；
倘若双方无法达成协议，那么就交由人民法院依据财产的实际状况，按照着重照顾子女、女方以及无过错方权益的原则来作出判决。
而个人的财产，其所有权归个人所有，不会参与到夫妻共同财产的分割之中。
在分居这段时间里，双方各自的收入等部分一般依然被视为夫妻共同财产。
不过，如果能够有确凿的证据证明其中一方在分居期间有特定的财产出现增值情况，或者有独立的收入来源，并且这些财产与另一方没有任何关联，那么就可以主张这些财产为个人财产。
比如说，一方在分居期间通过合法的继承方式，或者受到他人的赠与而获得的财产，通常会被认定为个人财产。
与此同时，如果一方在婚姻关系存续期间存在过错行为，像是重婚、对另一方进行虐待、遗弃家庭成员等情况，在进行财产分割的时候，就可以根据具体情况，适当让其少分或者不分财产。
总之，具体的财产分割事宜必须结合实际情况，并严格依照相关法律规定来准确确定。