在夫妻分居超过两年后决定结束婚姻关系时，通常可选择通过谈判以达成共识而进行的协议离婚或者依法要求的法院判决离婚两种方式来实现。
在协议离婚中，双方需经过充分的协商并达成一致意见，签署书面的离婚协议书，同时携带相关的身份证明文件前往当地的婚姻登记机构办理正式的离婚手续。
若选择诉讼离婚途径，则需向法院递交详细的起诉书以及相关的证据资料。
在证据收集方面，常见的包括租赁房屋的合同、社区委员会或物业管理部门出具的证明文件、双方共同签署的分居声明等能够直接证明双方因感情破裂而分居长达两年以上的相关材料。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。