分居长达两年的婚姻关系在进行离婚程序时通常也需要执行离婚冷静期的规定。
然而，若能够证明夫妻之间因情感不和导致分居时间超过两年，并且经过调解后仍无法达成共识的情况下，法院应依法批准离婚申请。
值得注意的是，离婚冷静期的适用范围主要针对的是当事人双方自愿协议离婚的情形。
在此类情况下，即便已经分居两年之久，仍然需要按照法律规定履行离婚冷静期的程序。
然而，对于通过诉讼途径提出离婚请求的案件，倘若有充足的证据证实分居达到两年并存在感情破裂的事实，那么法院在审理过程中将不受离婚冷静期的限制，可以直接作出离婚判决。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。