离婚补偿协议中约定支付五十万元的金额，其合法性需根据多种因素进行全面评估和判断。
一般情况下，若此种补偿来源于配偶一方在婚姻存续期间因某种特殊贡献或造成错误的行为所产生的合理性付出，且双方均自主协商并达成共识，那么这样的补偿约定则基本上具有法律效力。
然而，若在协议签订过程中出现了欺骗、威胁等不正当手段，便有可能使整个协议失去法律约束力。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十八条
夫妻一方因抚育子女、照料老年人、协助另一方工作等负担较多义务的，离婚时有权向另一方请求补偿，另一方应当给予补偿。具体办法由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。