若夫妻双方分居长达两年之久，而女方不予认同离婚，那么男方有权选择向当地法院提交离婚申请。
在此过程中，法院将会对夫妻二人之间的感情状况进行全方位的考察与权衡，包括但是不仅限于确认感情是否确实已经破裂。
尽管分居两年的事实可被视为夫妻感情破裂的一项重要参考指标，然而它并非是决定性的因素。
倘若男方能够提供充足的证据来证实双方感情确实已经破裂，例如因为感情问题而导致的长期分居，并且双方无法再恢复良好关系，那么法院有可能会做出离婚的判决。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。