证明双方已分居满两年的方法有多重多样。
其中较为常见的几种包括：一是由一方向外租赁的住宅合同；
其次为双方当事人所签署的正式分居协议；
第三则是由社区居委会或村级组织出具的证明函件；
最后则是可以通过邻居提供的证人证言等诸多种途径来实现。
除此之外，在某些情况下，夫妇之间的书信往来或者线上交流记录（例如邮件、短信、社交媒体等）若能够清晰地反映出双方已经处于长期分开生活的状态，那么这些记录同样可以被视为有效的证据。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。