在夫妻双方分居长达两年的情况下，婚姻关系并不会自主消失。
众所周知，分居并不等同于离婚，现行的法律制度明确规定，离婚仅有两种合法途径——协商离婚及通过法院进行争议解决程序之离婚，绝无自动解除婚姻关系这一说法。
倘若夫妻双方在分居两年之后，感情状况已彻底崩裂，那么他们可以选择通过友好协商进行离婚手续办理;
若协商未能达成共识，则可依法申请由法院裁决离婚。
值得注意的是，根据我国现行《民法典》的相关规定，夫妻之间因情感因素导致的长期分居现象超过两年的话，经各方努力仍无法调和的情况下，法院将准许离婚的申请。

《民法典》第一千零八十条
完成离婚登记，或者离婚判决书、调解书生效，即解除婚姻关系。