分居两年有共同债务只要经法定程序就可以离婚，两者之间并无直接影响。双方协议离婚的，要求婚姻关系合法有效、双方订立离婚协议、亲自申请离婚登记、经过离婚冷静期等；双方起诉离婚的，要求婚姻关系合法有效、当事人自愿离婚、调解无效、夫妻感情确已破裂等。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。