对于农村宅基地上的房屋动拆迁补偿争议的处理方式如下：首先，若争议房屋经过土地改革时期的产权登记，但并未经历过农村宅基地使用权的相关登记或者新建、翻建、改扩建等行为，那么在法律层面上，该房屋的所有权应归属于土改时期登记的权利人所有；其次，如果争议房屋不仅经过了土改时期的产权登记，同时也经过了农村宅基地使用权的相关登记，并且在此期间并没有进行任何形式的新建、翻建、改扩建等行为，那么在法律层面上，该房屋的所有权应归属于土改时期登记以及农村宅基地使用权证核定的人员所有；最后，如果争议房屋虽然经过了土改时期的产权登记，但是在宅基地使用权登记之后又进行了新建、翻建、改扩建等行为，那么在法律层面上，该房屋的所有权应归属于农村建房用地审批文件以及农村宅基地使用权证核定的人员所有。

《土地管理法》第六十二条农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。