商品房在面积差异超过百分之三的情况下，买方可根据实际情况选择解除合约，而卖方有义务全额退还已经支付的购房款项以及相关利息。若买方面对不理想的面积差异仍选择持续履行合同，则可依据合同中规定的面积差异比例与约定的价格进行计算，进而确定最终由哪方来补充差价、由卖方各自承担、卖方将差价款如数退还或双倍返还等各种可能性；
然而，若面积差异并未超出百分之三这一范围，双方应以实际测量结果为依据来算清房款。

《商品房销售管理办法》第二十条按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。合同未作约定的，按以下原则处理：（一）面积误差比绝对值在3%以内的，据实结算房价款；（二）面积误差比绝对值超出3%时，买受人有权退房。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3%以内部分的房价款由买受人补足；超出3%部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3%以内部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3%部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。