关于商铺退房时的违约金赔偿额度问题，这涉及到的不仅是合同协议中的详细约定，而且还需要参考相关的法律法规，而在所有因素中，协议约定是具有最高约束力的。因此，只要合同中明文约定了违约责任，并且明确列举了违约金金额的具体数据，那么就应该依照协议约定来执行。若协议中并未做出相关约定，则需要依据相应的法律法规进行操作。通常来说，如果协议中并未明确约定违约金的百分比是多少，一般情况下，违约金的比例不会超过百分之三十。当出现双方均存在过失的情况时，应根据各自的过失程度来划分责任。
另外，如果协议中所约定的违约金低于实际所遭受的损失，人民法院或仲裁机构有权根据当事人的申请，对违约金进行适当的调整；反之，如果约定的违约金过高，超出了实际损失，同样也可以通过上述途径进行调整。

《民法典》第五百八十五条
【违约金】
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；
约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
第五百八十七条
债务人履行债务的，定金应当抵作价款或者收回。
给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；
收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。