关于商铺租赁合同纠纷问题的处理程序及方法包括以下四个方面：
首先是通过协商方式解决，即由双方当事人在自愿、平等的基础上进行协商以达成共识；
其次为调解方式，通过引入第三方机构或人员对争议各方进行说服劝导和教育引导，以期促使协议解决矛盾纠纷；
再者是仲裁方式，就是将争议提交给专门设立的仲裁机构进行审查评估并根据实际情况做出公正合理的判断，进而在权益与责任关系上给予明确的裁定；
最后，如果以上途径均无法实现协商解决，则任何一方当事人都有权向有管辖权的法院提起诉讼。在此过程中，如有一方当事人依据上述条款暂时停止履行合同义务，应立即通知另一方当事人。而当另一方当事人能够提供适当的担保时，原履行义务方也应该恢复履行合同约定。

《中华人民共和国民法典》
第五百二十八条【行使不安抗辩权】当事人依据前条规定中止履行的，应当及时通知对方。对方提供适当担保的，应当恢复履行。中止履行后，对方在合理期限内未恢复履行能力且未提供适当担保的，视为以自己的行为表明不履行主要债务，中止履行的一方可以解除合同并可以请求对方承担违约责任。