关于房屋纠纷的诉讼时效问题，在超过法定期间之后的处理方式主要如下所述：当事人在面对对方要求其履行义务时，可向法院提出诉讼时效已过期这一主张，而法院将对该主张进行全面审查，以确定是否存在诉讼时效中断、诉讼时效中止以及诉讼时效延长等相关事由。此外，对于涉及到不动产所有权及登记返还财产等事项的案件，则不受诉讼时效的限制。

《民法典》第一百九十二条诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。第一百九十六条下列请求权不适用诉讼时效的规定：（一）请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；（三）请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；（四）依法不适用诉讼时效的其他请求权。