商品房买卖协议并不会被政府部门收回或扣留，在签订此类协议时，通常会签署多份，以便于满足各类相关机构如银行和房管局等的需求。在房屋交付使用之后，购房者有权自行保留一份该协议，该协议将始终不会被收回或取消。在某些特殊情况下，如房产证不慎遗失，此份协议亦可充当临时的产权证明文件或者用于维护自身合法权益的重要依据。

《中华人民共和国民事诉讼法》第六十三条证据包括：（一）当事人的陈述；（二）书证（三）物证；（四）视听资料；（五）电子数据；（六）证人证言；（七）鉴定意见；（八）勘验笔录。证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。第六十四条当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。