若房屋产权证书出现逾期办理的情况，违约金应根据相关法律法规并参照房地产交易合同中的有关规定来实际核算。违约金被视为约定的违约责任承担形式之一，当其中一方当事人应支付违约金之后，如果合同中已明确约定了违约金的金额，则该方需按照此约定的金额向另一方支付一定比例的违约金。而在前述条件下的购房合同之中，双方已直接就违约金的具体数额达成协议，因此，违约一方可按照约定的数额支付违约金。值得注意的是，在某些情形之下，双方可能会在合同签订之时便确定违约金的计算方式，一旦某一方违反了上述规则，便需要按照这一既定的计算办法算出相应的违约金金额，而后按照算出的结果支付违约金。对于违约方而言，他们在支付违约金的过程中，如若发现所负担的违约金远超其实际损失的话，他们有权向仲裁机构或人民法院申请减免，至于所谓“过高”，指的是违约金数额超过实际损失的百分之三十；另外，收取违约金的一方若认为所收到的违约金不足以弥补其实际损失，也可向仲裁机构或人民法院申请调增，在这种情况下，违约一方需支付足以与其实际损失相当的违约金款项。

《中华人民共和国民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。