在农村地区，更换房地产权证的流程应该遵循以下步骤：
首先，需前往当地的不动产权登记机构办理相关事宜；
其次，房屋所有权人根据要求准备相关文件资料，包括填写完整的登记申请表、提供合法有效的个人身份证件、宅基地使用权证书以及城乡规划所出具的证明等等；
再次，申请人还须向不动产登记部门提交证明其为该房屋所在农村集体经济组织成员及经过村民会议批准的相关证明文件；
最后，由不动产登记部门对房屋进行精确测量绘制地图，并进行严格的登记审查工作，经审查合格后，方可颁发新的房地产权证。

《中华人民共和国城市房地产管理法》第六十一条
以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。
在依法取得的房地产开发用地上建成房屋的，应当凭土地使用权证书向县级以上地方人民政府房产管理部门申请登记，由县级以上地方人民政府房产管理部门核实并颁发房屋所有权证书。
房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。
法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。