若经济适用住房为集体投资兴建或是安置房屋性质，则通常需按照相关规定缴纳占总价值3%的土地出让金。
然而若是将其归类于普通商品房之列，便无需承担这笔百分之三的出让金费用。
此外，因各地经济适用住房政策皆有所差异，故在收取土地出让金方面的具体比例亦不尽相同。

《经济适用住房管理办法》第三十条
经济适用住房购房人拥有有限产权。
购买经济适用住房不满5年，不得直接上市交易，购房人因特殊原因确需转让经济适用住房的；由政府按照原价格并考虑折旧和物价水平等因素进行回购。
购买经济适用住房满5年，购房人上市转让经济适用住房的，应按照届时同地段普通商品住房与经济适用住房差价的一定比例向政府交纳土地收益等相关价款；具体交纳比例由市、县人民政府确定，政府可优先回购；购房人也可以按照政府所定的标准向政府交纳土地收益等相关价款后，取得完全产权。