两限房和经济适用房的区别有：
1.两限房面对的是中等收入群体，在定价时参考同地段、同品质普通商品房的价格。经济适用房面对的是城市低收入群体，价格较低。
2.两限房只要求申购者具有本地户口，经济适用房对户籍时间具有严格要求。
3.两限房以中小户型为原则，经济适用房以小户型、满足基本生活需求为原则。

《经济适用住房管理办法》第二条
本办法所称经济适用住房，是指政府提供政策优惠，限定套型面积和销售价格，按照合理标准建设，面向城市低收入住房困难家庭供应，具有保障性质的政策性住房。本办法所称城市低收入住房困难家庭，是指城市和县人民政府所在地镇的范围内，家庭收入、住房状况等符合市、县人民政府规定条件的家庭。
《经济适用住房管理办法》第三条
经济适用住房制度是解决城市低收入家庭住房困难政策体系的组成部分。经济适用住房供应对象要与廉租住房保障对象相衔接。经济适用住房的建设、供应、使用及监督管理，应当遵守本办法。