三人合伙企业的股份分配是由三人协商决定的，可以参照出资比例、劳务支出比例来进行分配。
分配方案可参考以下方法，股权分配把股权首先分成两个类别：
资金股权部分、经营管理股权部分。
先把这两个部分的股权分别确定清楚，至于经营股权部分，总的比例定好了之后，就可以考虑每个人在团队中担任的职责和能力来评估了。
这个方面可能有争持的地方，设立一些简单的虚拟股权绩效评价系统。
就是说在创业过程中让股东的股权随着个人绩效的变化有一定调整幅度的激励制度。
这个制度是中立的，因此经营股权的分配比例也是按照职责、岗位来分的，从而确定分配内容。

《合伙企业法》第九条
申请设立合伙企业，应当向企业登记机关提交登记申请书、合伙协议书、合伙人身份证明等文件；
合伙企业的经营范围中有属于法律、行政法规规定在登记前须经批准的项目的，该项经营业务应当依法经过批准，并在登记时提交批准文件。