恶意注销公司的处理方式：
1、若公司的发起人、股东虚假出资，由公司登记机关责令改正，处以虚假出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款；
2、若抽逃其出资的，由公司登记机关责令改正，处以所抽逃出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款；
3、其他处理方式。

《中华人民共和国公司法》第一百九十九条
公司的发起人、股东虚假出资，未交付或者未按期交付作为出资的货币或者非货币财产的，由公司登记机关责令改正，处以虚假出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。
第二百条
公司的发起人、股东在公司成立后，抽逃其出资的，由公司登记机关责令改正，处以所抽逃出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。