先有合伙协议，再有公司章程。公司章程是有备案的，在工商局可以对外查询。而合伙协议是内部协议，不可对外披露。
解决办法：
(一)如果合伙协议在前面，公司章程在后面，毋庸置疑，后面的肯定优先于前面的，因为有登记的协议的效力肯定优于没有登记的，有备案的优先使用。
(二)如果公司章程已经交上去了，后来又做了一个合伙协议，这种情况下按照生效时间前后来解决。

《公司法》第十一条
设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
《中华人民共和国公司法》第四条
合伙协议依法由全体合伙人协商一致、以书面形式订立。
第五条订立合伙协议、设立合伙企业，应当遵循自愿、平等、公平、诚实信用原则。
第十九条合伙协议经全体合伙人签名、盖章后生效。
合伙人按照合伙协议享有权利，履行义务。
修改或者补充合伙协议，应当经全体合伙人一致同意；
但是，合伙协议另有约定的除外。
合伙协议未约定或者约定不明确的事项，由合伙人协商决定；
协商不成的，依照本法和其他有关法律、行政法规的规定处理。