身份证被注册公司可以和对方协商，劝说其主动注销。对方不愿意的，向工商行政管理部门投诉，要求工商部门撤销行政许可，吊销该公司的登记。也可以以工商部门给予公司登记的行政行为违法，损害被侵权人合法权益，对工商部门提起行政诉讼，要求工商部门撤销公司登记行政许可。

《居民身份证法》第十七条
有下列行为之一的，由公安机关处二百元以上一千元以下罚款，或者处十日以下拘留，有违法所得的，没收违法所得：
（一）冒用他人居民身份证或者使用骗领的居民身份证的；
（二）购买、出售、使用伪造、变造的居民身份证的。
伪造、变造的居民身份证和骗领的居民身份证，由公安机关予以收缴。