二者区别在于：
一是纳税人销售零税率货物在税法规定具有纳税的义务，但由于规定税率为零，纳税人无税可纳。
而免税则指国家根据政策的需要，免除纳税人缴纳税款的义务。
二是纳税人销售零税率货物既然有纳税义务，同样具有抵扣税额的权利，从形式上表现为退给纳税人在各个流转环节已缴纳的税款。
而免税则规定免除纳税人纳税的义务，同时也规定生产销售免税货物不得抵扣进项税额，即纳税人必须放弃抵扣税款的权利。

《中华人民共和国税收征收管理法》第三条
税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税,依照法律的规定执行；
法律授权国务院规定的,依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定,擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。