交通事故的三期鉴定费用，通常是由申请进行鉴定的那一方先把钱垫付出去。
等整个事情结束后，这笔费用是由负有责任的那一方来承担的。
如果在事故发生后，责任划分特别清晰，并且鉴定结果对于确定责任起到了极为重要的作用，那么理所当然地，应该是责任方来承担鉴定费用。
可要是责任方不太明确，或者双方在责任认定这件事上存在争议，一般情况下就是由提起诉讼的那一方先垫付鉴定费用，最后到底由哪一方来承担，得根据法院的判决来确定。
另外，如果鉴定结果和事故的责任认定没有任何关系，那么通常就由申请鉴定的那一方自己承担这笔费用。
总而言之，一般来说是谁申请的鉴定，就先由谁垫付费用，而最终到底是由谁实际承担这笔费用，得综合考虑责任的划分等各种情况来决定。

案情回顾:

小朱驾驶车辆与小李驾驶的车辆发生碰撞，引发交通事故。双方对于事故责任划分存在较大争议，需进行三期鉴定来辅助确定责任。小朱积极申请鉴定，并先行垫付了相关费用。鉴定结果出来后，对于明确此次事故责任起到了重要作用。

案情分析:

1、鉴于事故发生时责任划分暂不明确，按照一般惯例，由申请鉴定的小朱先行垫付费用是合理的。后续究竟由谁最终承担这笔费用，要依据法院的判决结果来确定。
2、倘若鉴定结果与责任认定并无关联，那么通常情况下，该费用会由申请鉴定的小朱自行承担。不过，具体的最终承担方还需要综合考虑责任划分等多方面情况后才能确定。