若货车营运证未能按期进行年度审查，并因此导致了交通意外事故，那么在符合相关法律法规的前提条件下，保险公司将依然有义务进行补偿。但需要特别注意的是，如果驾驶员尚未获得驾驶资质或处在醉酒状态下驾车，或是在被保险机动车被盗窃、抢夺期间发生的交通事故，以及由被保险人故意制造的道路交通事故等情况，均可能导致保险公司拒绝承担相应的赔偿责任。
然而，除了上述特殊情况以外，只要事先与保险公司达成了明确的免赔协议，保险公司就必须按照约定履行赔偿责任。

《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条
有下列情形之一的，保险公司在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿：
（一）驾驶人未取得驾驶资格或者醉酒的；
（二）被保险机动车被盗抢期间肇事的；
（三）被保险人故意制造道路交通事故的。
有前款所列情形之一，发生道路交通事故的，造成受害人的财产损失，保险公司不承担赔偿责任。