对于遭受水淹损害的汽车，保险公司是否进行赔偿需视具体情况而定。
首先，车主必须确认其已购买车损险方可获得补偿；反之，如未购置该项保险，保险公司将不予受理。
然而，若车主成功投保车损险，那么因碰撞、洪水、暴雨、暴风等各类风险引发的汽车损失皆可得到一定程度的理赔修复。
值得注意的是，9月19日起实施的车险改革后，购买的车损险中已经包含了涉水险这一附加险种。因此，即使是由于水淹导致的汽车发动机涉水问题，只要车主购买了车损险，便可同时享受相应的赔偿服务。

《保险法》第五十七条规定：投保人对保险公司理赔决定不服的，可以依据保险合同约定或者与保险公司协商解决；协商不成的，可以申请仲裁或者向人民法院提起诉讼。