如果法院不认可还款协议，可参考以下方式来妥善处理：
一、查明不认可原因
法院不认可还款协议，原因通常涉及形式与实质两方面。
从形式来看，例如协议签订时可能未遵循法定程序，像缺少必要的见证环节、签字盖章不规范等。
从实质方面讲，可能是协议内容与法律法规相抵触，或者损害了第三方的合法利益。
此时，当事人应主动与法院沟通，详细询问不认可的具体缘由，只有明确问题所在，才能更有针对性地采取后续措施。
二、补充或修正协议
若查明的问题有补救的可能，比如协议中遗漏了某些关键条款，或者签字存在瑕疵等，当事人可以与协议的另一方进行友好协商，共同对协议进行补充或修正。
在这个过程中，要确保补充或修正后的协议完全符合法律的相关要求。
完成后，再将修正后的协议提交给法院，请求法院重新进行审查。
三、提供证据支持
若协议内容本身并无违法违规之处，只是因为证据不足等原因导致法院不认可，那么当事人需要积极收集相关证据。
例如，提供自己的还款能力证明，如银行流水、收入证明等；或者表明自己的还款意愿，如之前的还款记录、与对方沟通还款的聊天记录等，以此来证明协议的有效性和可履行性。
四、寻求专业法律帮助
在必要的情况下，当事人可以咨询专业的律师。
律师能够凭借其专业知识和丰富经验，深入分析具体情况，为当事人制定出合适的应对策略，帮助当事人更好地维护自身的合法权益。

案情回顾:

小朱与小李签订还款协议后，法院却不认可该协议。争议点在于协议签订形式是否规范及内容是否合法。小朱与小李尝试沟通修正，补充证据，但法院仍未认可，小朱不知如何是好。

案情分析:

1、法院不认可可能因形式问题，如缺少见证环节、签字盖章不规范；也可能是实质问题，如内容违法或损害第三方利益。小朱应主动与法院沟通明确原因。
2、若问题可补救，小朱和小李可协商补充或修正协议，确保符合法律要求后再提交法院审查。
3、若因证据不足，小朱需收集还款能力及意愿相关证据，证明协议有效性和可履行性。
4、必要时小朱可寻求专业律师帮助，制定应对策略维护权益。