需认真仔细地研读补充协议的各项条款，通过细致的阅读和分析，将其中存在的不合理之处清晰地找出来。
这需要我们逐字逐句地进行推敲，不放过任何一个细节，确保能够准确地发现不合理的地方。
接着要与开发商展开积极的协商沟通。
在沟通中，要明确地指出补充协议中不合理的条款，并提出修改的要求。
同时，要妥善保留好整个沟通的记录，这将是后续处理问题的重要依据。
比如可以通过邮件、短信或书面函件的方式进行沟通，并将相关记录保存下来。
如果经过协商仍然没有结果，那么可以寻求第三方的调解帮助。
像消费者协会这样的机构就是很好的选择，他们拥有丰富的调解经验和专业的知识，能够协助双方调解纠纷。
在寻求调解的过程中，要积极配合第三方的工作，提供相关的证据和信息，以促进调解的顺利进行。
倘若调解也无法解决问题，此时可以考虑向房地产管理部门进行投诉。
房地产管理部门具有监管开发商行为的职责，他们会对开发商的行为进行调查和处理。
在投诉时，要详细地说明问题的经过和相关证据，以促使房地产管理部门能够有效地采取措施。
另外，还可以依据相关的法律法规，比如《民法典》等，向法院提起诉讼。
通过法律途径来确认补充协议的无效性或对不合理条款进行修改，以维护自身的合法权益。
在整个过程中，收集和保存证据是非常重要的，如补充协议、沟通记录等，这些证据将在诉讼中起到关键的作用。

案情回顾:

小朱购买房产时发现与开发商签订的补充协议存在不合理之处。小朱仔细研读后与开发商协商，指出不合理条款并要求修改且保留沟通记录，但协商无果。小朱寻求消协调解也失败，向房地产管理部门投诉仍未解决，最后小朱欲依据《民法典》向法院起诉。

案情分析:

1、小朱按步骤处理补充协议问题，从协商到调解再到投诉，做法较为合理。
2、小朱保存的相关证据，如补充协议、沟通记录等，对后续诉讼维护权益有重要意义。