关于保密协议中存在的霸王条款是否构成违法行为，需结合各项具体条款及其性质予以全面分析。
大体而言，若相关条款严重侵害了某一方当事人的合法权益，使得协议的签署方得以完全解除其应负有的主要义务，或明显违反了公平交易原则，则此类条款极有可能被视为非法条款。
例如，某些霸王条款对劳动者正常的职业发展权益设置诸多限制，抑或是要求雇员承担过于沉重的违约赔偿责任，却未提供相应的经济补偿，这类规定往往无法得到法律的认可与保护。

《中华人民共和国民法典》第四百九十七条
有下列情形之一的，该格式条款无效：
（一）具有本法第一编第六章第三节和本法第五百零六条规定的无效情形；
（二）提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利；
（三）提供格式条款一方排除对方主要权利。