在处理工程合同违约金的计算问题时，我们通常需要遵循以下几个基本原则：
首先，需要查看合同中有没有对违约金进行明确的规定；
如果确实存在有关条款，则应严格按照该条款执行，但是所约定的违约金金额一般不应该过高或者过低，而应与因违约行为引发的实际损失相符。
若发现合同中并无相关约定，那么就需要依据违约行为造成的实际损失作为基准，经过法院或仲裁机构对此案进行审理后，综合衡量合同的履行状况以及当事人的过错程度等多方面因素，再根据实际情况来酌情确定违约金的具体数额。
这里提到的实际损失，既包括了直接损失也涵盖了间接损失，例如由于工程延期导致的额外费用支出、预期利润的丧失等等。
在计算违约金的过程中，对于证据的收集和保存工作必须高度重视，以此来证明损失的真实性及其具体数额。
此外，违约金的计算结果还可能会受到法律法规中关于违约金上限或下限的相关规定的制约。
为了能够提供更为精准的建议，请允许我进一步了解您的详细情况。