可以。

可以在货款中扣除违约金。
合同违约金在货款扣除合法，合同违约金在货款扣除的条件是：
1.必须是违约金过分高于或低于违约造成的损失；
2.必须当事人提出请求；
3.违约金数额高低的比较标准及调整标准均是违约造成的损失。

《民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。