企业双方协议的法律效力，需依据具体情况来判定，主要涉及以下方面：
1.有效情形：
当协议内容不违背法律法规的强制性规定时，这是协议有效的基础。
同时，协议必须是双方真实意思的体现，不存在一方被误导、欺骗等情况。
并且，双方还需具备相应的民事行为能力，比如企业具有合法的经营资质，法定代表人能代表企业作出真实有效的意思表示等。
在这种情况下，像涉及合法商业交易，如货物买卖、服务提供等，以及对双方权利义务有明确合理约定的协议，通常是具有法律效力的。
2.无效情形：
若协议存在欺诈、胁迫、恶意串通等不良行为，或者违反公序良俗，例如为获取不当利益而签订的损害第三方利益的协议，那么该协议可能会被认定为无效。
综上所述，判断企业双方协议的法律效力，需综合考量协议内容、签订主体资格等多方面因素。

案情回顾:

小朱所在企业与小李所在企业签订合作协议，约定货物买卖相关事宜。但小朱称签约时小李企业法定代表人存在误导行为，且自身企业经营资质存疑，小朱质疑协议效力，双方产生争议。

案情分析:

1、若小李企业法定代表人确实存在误导行为，使小朱企业在非真实意思表示下签约，且能提供相关证据，那么此协议可能因缺乏真实意思体现而无效。
2、若小李企业不具备合法经营资质，即不具备相应民事行为能力，那么该协议也可能因主体资格问题而被认定无效。