施工合同实际履行超过了有效期，属于延期履行，如果双方在合同中对延期履行有约定或者事后对延期履行达成了协商的话就依据约定来处理。
迟延履行往往会导致违约责任，尤其是迟延履行对合同的另一方造成了一定的损失，甚至会进行相关的赔偿。

《民法典》第五百八十五条
?当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；
约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。