协议被认定为无效证据，常见于以下几种情况：
1.签订过程存在问题：
当协议的签订存在欺诈、胁迫等违背当事人真实意思表示的情形时，协议无效。
例如，一方故意隐瞒重要事实或者提供虚假信息，欺骗对方签订协议；或者通过威胁、逼迫等手段，使对方在不情愿的情况下签订协议。
这种违背真实意愿签订的协议，无法作为有效证据。
2.内容违反规定：
若协议内容违反法律法规的强制性规定，或者违背公序良俗，该协议无效。
比如，协议内容涉及非法交易、损害公共利益等，都是不符合法律要求的。
3.主体不具备能力：
协议的主体不具备相应的民事行为能力，所签协议一般无效。
像无民事行为能力人，如未满八周岁的未成年人、不能辨认自己行为的八周岁以上的未成年人等，他们独立签订的协议通常不具有法律效力。
总之，认定协议为无效证据，需从签订过程、内容及主体等方面审查，看是否符合法定无效情形。

案情回顾:

小朱与小李签订一份合作协议，小朱故意隐瞒关键信息欺骗小李签约。后双方产生纠纷，小朱拿出协议作证据，小李却称签订过程存在欺诈，协议应无效，双方就协议是否有效产生争议。

案情分析:

1、从签订过程看，小朱故意隐瞒重要事实欺骗小李签约，此行为违背了小李的真实意思表示，根据相关规定，这种情况下签订的协议无效，不能作为有效证据。
2、若协议内容涉及违反法律法规强制性规定或违背公序良俗，该协议也无效，但此案件中未体现内容违规问题。
3、关于主体方面，案件中双方均具备相应民事行为能力，不存在主体不具备能力导致协议无效的情形。