当宅基地合同被认定无效后，赔偿问题的处理方式通常如下：
一、返还财产
依据《民法典》的相关规定，合同无效后，因该合同取得的财产需返还。
这是一种恢复原状的处理方式。
若一方已经实际占有了宅基地，就需要把宅基地归还给原来的权利人。
这种返还财产的处理，旨在让双方的财产状况恢复到合同签订前的状态，保障各方的合法权益。
二、折价补偿
当出现不能返还或者没有必要返还的情况时，就应当进行折价补偿。
此时，就需要对建设投入的合理价值进行专业评估。
评估后，由相应的责任方按照评估价值给予对方折价补偿，以体现公平合理的原则。
三、过错赔偿
有过错的一方需要赔偿对方因此所遭受的损失。
如果双方都存在过错，那么应当各自承担相应的责任。
在这种情况下，该方应赔偿对方由此产生的信赖利益损失等。
过错赔偿的目的在于对无过错方的损失进行合理弥补，维护公平正义。

案情回顾:

小朱与小李签订宅基地转让合同，小朱支付转让款后，小李交付宅基地。后该合同被认定无效，争议点在于财产返还、建设投入补偿及过错赔偿问题。小朱在宅基地上有建设投入，且双方对合同无效均有一定过错。

案情分析:

1、关于返还财产，小李应将转让款返还小朱，小朱需把宅基地归还小李，使双方财产状况恢复到合同签订前。
2、针对折价补偿，因小朱在宅基地上有建设且无法恢复原状，需对建设投入合理价值进行评估，由相应责任方按评估值给予折价补偿。
3、在过错赔偿方面，由于双方都有过错，应各自承担相应责任，对对方信赖利益损失等进行合理弥补。