动产所有权是可以通过合同来进行约定的，下面为你展开详细分析：
一、一般动产所有权转移情况
在我国法律体系中，对于动产物权的设立与转让有着明确规定。
通常来说，动产物权的设立和转让，自交付时便会发生效力，不过法律另有规定的情况除外。
打个比方，甲将自己的一辆自行车卖给乙，当甲把自行车实际交付给乙的时候，在一般情形下，这辆自行车的所有权就从甲转移到乙了。
但实际生活中，当事人是可以通过合同对所有权转移的时间、条件等作出特别约定的。
比如，甲和乙可以约定，在乙满足一定条件后，自行车的所有权才正式转移。
二、约定的效力问题
只要合同是双方真实意愿的体现，不存在违反法律法规强制性规定以及违背公序良俗的情况，那么关于动产所有权的约定就是有效的。
例如，在买卖一台昂贵设备时，双方可以在合同中约定，只有当买方付清全部款项后，这台设备的所有权才转移给买方，即便此时设备已经实际交付给了买方，这种约定也是受法律保护的。
三、签订合同的注意要点
在签订涉及动产所有权约定的相关合同时，务必要明确约定所有权转移的具体条件和时间节点等关键内容。
比如，是在交付后一定期限内付清款项所有权才转移，还是分阶段付款并对应不同的所有权转移阶段等，都需要清晰明确，这样才能避免后续可能出现的各种纠纷，保障双方的合法权益。

案情回顾:

小朱将一台昂贵设备卖给小李，双方约定只有小李付清全部款项后，设备所有权才转移。设备交付后，小李未付清款项，但主张自己已实际占有设备，所有权应归自己，双方就此产生争议。

案情分析:

1、根据相关法律，动产物权通常自交付时发生效力，但当事人可通过合同特别约定所有权转移时间、条件等。本案中双方约定付清款项后所有权转移，此约定合法有效。
2、虽然设备已交付小李，但在其未付清款项前，按照双方约定，设备所有权仍归小朱。双方应按合同约定履行各自义务，避免产生不必要的纠纷。