1.通常来讲，补充协议既可以和合同一同签署，也能够在合同签订之后单独进行签订。
2.倘若一起签署的话，这样就能够保障补充协议与合同之间的一致性以及关联性，进而避免在后续的过程中可能会出现的解释方面的分歧。
而要是在合同签订之后再去签订补充协议，那就一定要明确补充协议的生效时间以及它和原合同之间的关系，一般来说呢，是以补充协议当中所约定的生效条款作为依据的。
3.补充协议主要是对原合同作出的补充、修改或者变更，在效力方面呢，它是要优先于原合同当中那些与之相冲突的条款的。
不过，补充协议的内容绝对不可以违反国家法律法规的强制性规定，要是违反了的话，就很有可能会导致补充协议无效。
4.总而言之呢，不管是选择一起签署还是单独签署补充协议，都必须要确保补充协议的合法性、有效性，同时还要保证它与原合同之间的协调性，这样才能让合同以及补充协议更好地发挥作用，避免出现不必要的麻烦和纠纷。
案情回顾:
小朱与小李签订了一份合同。之后小朱认为合同有些条款需要调整，便与小李协商签订补充协议。小胡作为小朱的助手，起草了补充协议，但没有明确约定生效时间及与原合同关系。小丽作为小李的法务，认为此补充协议可能违反国家法律法规强制性规定，双方产生争议。
案情分析:
1、补充协议未明确生效时间及与原合同关系，这会导致合同解释方面可能出现分歧。
2、若补充协议违反法律法规强制性规定，极有可能被判定无效。双方应重新协商，按照规定明确补充协议生效时间、与原合同关系，且确保内容合法合规，避免不必要的纠纷。