通常来讲，经过公证程序的协议在法庭审判中往往是具备有效性的。
公证这一行为有着较强的证明效力，能够确凿地证明协议的真实性，确保协议所涉及的内容是真实存在的，不是虚假编造的；
同时也能证明协议的合法性，使协议符合国家法律法规的要求，没有违法违规之处。
这样一来，就增强了协议的公信力，让人们更加信任该协议，也提升了协议的执行力，在诉讼过程中能够为协议的有效性提供坚实的保障。
然而，这并不是绝对的情况。
如果协议本身存在违法的内容，比如违反了国家的强制性法律规定，或者违反了社会的公序良俗，即使已经经过了公证，法庭也可能不会认可其有效性。
另外，对方如果能够拿出有力的反驳证据，或者提出合理的法律理由，也有很大可能会导致经过公证的协议在法庭上不被采纳。
总之，公证只是一种提升协议效力的手段，其在法庭上最终的效力如何，还需要根据具体的案件情况以及相关的法律规定进行全面、综合的判断，不能仅仅因为经过了公证就认定其一定有效。