非法行医立案的情形有：
（1）造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；
（2）造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的；
（3）非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的；
（4）其他情节严重的情形。

《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第五十七条
未取得医生执业资格的人非法行医，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的；
（二）造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；
（三）使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的；
（四）非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的；
（五）其他情节严重的情形。