倘若在学校内设立之医院不幸发生了医疗事故，相关负有责任者可率先与校医院进行真诚的磋商，期望通过双方共同努力，达成共识并签署具有法律效力的协议书，此后，需依法将该协议报备至卫生主管机关；
如若经过多次沟通仍未能达成一致意见，当事人便有权向卫生行政机构提出申述寻求进一步的处理；
而如果所有的努力都无法取得实际的结果，那么当事人便可以考虑采取最后的手段，即诉诸于法院，请求法庭公正审理。
至于赔偿方面，当事人可依据事实提出包括但不限于医疗费用、住院期间的伙食补助费用在内的各项合理赔偿项目。

《医疗事故处理条例》第四十六条
发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
第五十条
医疗事故赔偿，按照下列项目和标准计算：
（一）医疗费：按照医疗事故对患者造成的人身损害进行治疗所发生的医疗费用计算，凭据支付，但不包括原发病医疗费用。结案后确实需要继续治疗的，按照基本医疗费用支付。
（三）住院伙食补助费：按照医疗事故发生地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准计算。
（四）陪护费：患者住院期间需要专人陪护的，按照医疗事故发生地上一年度职工年平均工资计算。