根据医疗事故处理条例以及相关法律法规的规定，二级医疗事故的认定标准如下：
二级甲等医疗事故，指的是事故造成了患者中度残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍。
患者器官表现出器官缺失又或者是器官功能完全丧失，其他器官不能代偿，可能存在特殊医疗依赖，又或者是生活大部分不能自理的情况。

《医疗事故技术鉴定暂行办法》第三十六条
专家鉴定组应当综合分析医疗过失行为在导致医疗事故损害后果中的作用、患者原有疾病状况等因素，判定医疗过失行为的责任程度。
医疗事故中医疗过失行为责任程度分为：
(一)完全责任，指医疗事故损害后果完全由医疗过失行为造成。
(二)主要责任，指医疗事故损害后果主要由医疗过失行为造成，其他因素起次要作用。
(三)次要责任，指医疗事故损害后果主要由其他因素造成，医疗过失行为起次要作用。
(四)轻微责任，指医疗事故损害后果绝大部分由其他因素造成，医疗过失行为起轻微作用。