可以同时使用，不能同时享用社保和合作医疗两项待遇。国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
社保和农村合作医疗的区别如下：
（1）参保对象不同。农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民；
（2）保障期限不同。农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇；
（3）报销比例不同。农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高。
社保的申报手续如下：
1、如果当事人有用人单位的，先由单位准备好其营业执照、职工名册等材料；
2、然后向社保经办机构申请登记；
3、再由社保经办机构审核；
4、最后审核通过的，予以登记，发给社保卡。

《中华人民共和国社会保险法》第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。