补充医疗保险主要是由单位自行办理的，可以按照单位职工的工资总额的4%为计提，税前列支，有单位的会开设专业户进行管理，实行专款专用。
根据相关法律规定，企业按照国家统一为职工缴纳的五险一金的费用，准予扣除，企业为职工支付的补充医疗保险的费用，补充养老保险费用，在国家财务部规定的范围和标准内是可以准予扣除的。
企业补充医疗保险的资金是有企业和行业集中使用和管理，主要用于本企业个人负担较重的退休人员和职工的医药费用补助，不得划入基本医疗保险的个人账户中，也不得另行建立个人账户或用于职工其他方面的开支。

《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》第八十二条基本医疗服务费用主要由基本医疗保险基金和个人支付。
国家依法多渠道筹集基本医疗保险基金，逐步完善基本医疗保险可持续筹资和保障水平调整机制。
公民有依法参加基本医疗保险的权利和义务。
用人单位和职工按照国家规定缴纳职工基本医疗保险费。
城乡居民按照规定缴纳城乡居民基本医疗保险费。