1、投保对象，新农合是针对农村人口实行的医疗制度，医保是针对城市居民及企业职工（分为居民医保和职工医保两种）。
2、缴费标准，新农合和居民医保的缴费虽然每年是固定的金额，但职工医保则跟个人工资以及当地平均工资挂钩。
3、报销比例，多地已开始实行城镇居民医保和新农合统一的政策，新农合的报销比例也在逐渐往医保报销比例上靠近。
4、报销范围，医保报销范围比新农合广，像新农合在一些大医院门诊就不能报销，但也是上面提到了的统一政策，新农合的报销范围也正在向城镇居民医保靠拢。

《社会保险法》第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。?
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。