患者一方认为是医疗事故，但医疗机构否认，在这种情况下，患者一方要经过冷静、理智的调查研究或者咨询、论证后，可以直接向人民法院起诉。
我国法律确定的医疗事故处理的体制是双轨制，即可以通过卫生行政部门移交医学会进入鉴定程序，鉴定报告作出后再行起诉；
也可以直接向人民法院提起诉讼，经人民法院简单审理后再委托医学会鉴定。
如果人民法院审理后认为不是医疗事故赔偿纠纷，还可以告诉当事人按其他医疗侵权诉讼。人民法院认为是医疗事故纠纷的，直接委托当地医学会鉴定。

《医疗事故处理条例》第四十条
当事人既向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请，又向人民法院提起诉讼的，卫生行政部门不予受理；卫生行政部门已经受理的，应当终止处理。