医院发生医疗事故后，处理如下：
1、医疗单位与患方可以协商处理，能够协商一致的，应当制作协议书。
2、医患双方不能协商一致的，可以申请医疗事故争议处理。
申请医疗事故争议处理，应当在当事人知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起1年之内向卫生行政部门提出书面申请。卫生行政部门应当自收到医疗事故争议处理申请之日起10日内进行审查，作出是否受理的决定。

《医疗事故处理条例》第四十三条
医疗事故争议由双方当事人自行协商解决的，医疗机构应当自协商解决之日起7日内向所在地卫生行政部门作出书面报告，并附具协议书。
第三十七条
发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，应当提出书面申请。申请书应当载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等。
当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起1年内，可以向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。