机构退费能扣除的费用一般包含那些学员已经实际产生且无法退还的成本费用。
就像教材费，如果教材已经发放出去并且无法回收，那这部分费用就可以扣除；
还有已经安排好的特殊教学服务费用，像是单独为某个学员定制的辅导课程费用等，这些也在可扣除的范围之内。
然而，对于一些具有通用性的教学成本，比如教学场地的租赁费用等，就不应该在退费时进行扣除。
因为这些费用并不是仅仅针对特定的某个学员而产生的，而是用于整个教学活动的支出。
另外，如果机构在与学员签订的合同中明确规定了其他可以扣除的费用项目，并且这个约定没有违反法律法规的强制性规定，那么在进行退费时，就可以按照合同约定扣除相应的费用。
总之，退费可扣除的费用到底有哪些，需要根据具体的情况以及合同的约定来确定，这样才能保证退费行为既合法又合理，让双方都能满意。