1、申请。申请人登录原发证食品药品监督管理部门申报端或省级食品经营许可管理系统（网上申请），进行食品经营许可注销申请书的填写，并附相关申请材料（即食品经营许可注销申请书，食品经营许可证正本、副本，以及与注销食品经营许可有关的其他材料等）。
2、受理。申请人向原发证食品药品监督管理部门提交申请资料，材料齐全、符合法定形式的，食品药品监督管理部门将会予以受理；申请材料存在可以当场更正的错误的，需要申请人当场进行更正；而申请材料不齐全或者不符合法定形式的，食品药品监督管理部门会当场或者在五个工作日内一次性告知申请人需要补正的全部内容。
食品经营者申请注销食品经营许可的，应当向原发证的食品药品监督管理部门提交下列材料：
（一）食品经营许可注销申请书；
（二）食品经营许可证正本、副本；
（三）与注销食品经营许可有关的其他材料。

《食品经营许可管理办法》第三十七条
有下列情形之一，食品经营者未按规定申请办理注销手续的，原发证的食品药品监督管理部门应当依法办理食品经营许可注销手续：
(一)食品经营许可有效期届满未申请延续的;
(二)食品经营者主体资格依法终止的;
(三)食品经营许可依法被撤回、撤销或者食品经营许可证依法被吊销的;
(四)因不可抗力导致食品经营许可事项无法实施的;
(五)法律法规规定的应当注销食品经营许可的其他情形。
食品经营许可被注销的，许可证编号不得再次使用。